В Інституті функціонують 4 науково-дослідні відділи та 2 неструктурні лабораторії у складі відділу:
- Відділ «Керування динамічними системами» – зав. відділу д.ф.-м.н Сальніков М.М.;
- Відділ «Космічної плазми» – зав. відділу член-кореспондент НАН України, д.ф.-м.н. Черемних О.К.;
- Відділ «Космічних інформаційних систем та технологій» – зав. відділу к.т.н. Яйлимов Б.Я.;
- Відділ «Системних досліджень космічної діяльності» – зав. відділу член-кореспондент НАН України, д.ф.-м.н. Федоров О.П.
До складу відділу входять:
1. Неструктурна лабораторія «Супутникових досліджень ближнього космосу» – зав. лаб. к.ф.-м.н. Лізунов Г.В.;
Крім наукових підрозділів в Інституті існують науково-організаційний відділ, відділ бухгалтерського обліку і звітності, господарсько-експлуатаційний відділ.
